“自古名山僧占多”，相传早于隋初开皇八年(589年)，就有僧人于灵源山顶立寺祀奉观音大士。唐德宗贞元八年(792年)来庵隐居的道士蔡明浚与寺僧守净共同扩建。元末明初(1368年)陈友谅举事兵败，其骁将张定边亦遁于此山削发为僧，号沐讲禅师，于明洪武初年在山腰建新寺。寺分为上下二寺：上名天公案(观)，因常有紫云盖上，故号“紫云寺”(后毁);下名灵源寺(即灵源庵)。明永乐七年(1409年)，寺左又建一“霁云书院”，一称朱子祠。正德年间(1506年前后)里人吴东篱，精通堪舆，亲自劝募在右边建尼姑庵舍和夫人妈宫，并筑寺围墙。为此，寺宇规模初定。明人苏浚有《咏灵源庵》一诗写其形胜：“丹崖玄室倚天孤，一径迁回万壑殊，有客入门苔不扫，无僧余法鸟相呼。胸吞渤搂三岛，手拍浮丘倒百壶。夜静钟声醒客梦，天花渺渺出仙都。”

　　经历代僧众保护修葺，千年古刹灵源寺现已成为泉南最享盛名的禅林之一。1982年至1995年，灵源寺开辟了自泉安公路至寺院的盘山公路。在距寺院三百米处和大殿广场旁建立了两座雄伟的山门。寺庙左右及山门附近奇石佳景处，分别建有坝上亭、慈济亭、四达亭等七座亭阁，与殿宇互相辉映。1998年，大殿后又落成一列三座殿宇，中为大雄宝殿，右为地藏殿，左为祖师殿。大殿前面，铺有1500平方米的钢筋水泥广场，十分宽敞。广场前临山谷处，因势建筑起一列双层地上室，作为接待四方宾客的宿舍和食堂之用。高低错落，布局有致的灵源山又增一道风景，与灵源山山林胜景交相映衬，相得益彰。大殿前连着一座三开间的拜亭，飞檐翘脊，金碧辉煌，轩朗而宏丽。拜亭及殿廊均采用透雕玲珑精致的青石盘龙柱，柱上镌刻镏金对联，其中有相传为宋代宰相曾公亮题的“灵山好作西天界，源水能通南海潮”，有明代探花，书法大家张瑞图手书的“从闻思修大士何曾出世;法界定慧众生各自开堂”，以及一副古代流传下来佚名的“洞口春深烟雨、海门夜半渔灯”等名联。还悬有清代翰林庄俊元题的“古佛”，中国佛教协会主席赵朴初题的“灵源寺”，原全国人大常委会副委员长彭冲题的“天坛”等匾额。

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