该馆分有新旧两个馆区。旧馆在泉州开元寺内东侧，是古船陈列馆。1991年2月建成的新馆坐落于风景优美的东湖之畔，新馆主楼宛如一艘远航归来停靠港湾的双桅帆船，占地面积33000平方米，建筑面积7300平方米。该馆辟有“泉州古船陈列馆”、“泉州与古代海外交通史陈列馆”、“泉州宗教石刻馆”、“中国舟船世界”、“泉州海交民俗文化陈列馆”等固定陈列及1个预约开放展览——“庄亨岱藏品馆”。在这些展厅中，分别陈列着不少举世闻名的文物瑰宝，除了一艘国内发现年代最早、体量最大的宋代海船及其大量伴随出土物外，还有数十根木、铁、石古代锚具，数百方宋元伊斯兰教、古基督教、印度教石刻，各个时期的外销陶瓷器，160多艘中国历代各水域的代表性船模，以及数量繁多的反映海外交通民俗文化的器物。

　　宋代海船　1974年出土，系当时国内发现年代最早、体量最大的宋代海外贸易海船。伴随出土大量文物。

　　宗教石刻　宋元时期，泉州作为东方第一大港，吸引大量外国移民。泉州出土的大量伊斯兰教、基督教、印度教等宗教石刻。

　　外销陶瓷器　陶瓷器是中国古代海外贸易的主要商品。藏品中德化瓷器尤为珍贵。

　　古代航海　拥有大量古代航海用具，如明代四爪铁锚、宋代木爪石碇等。

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