该寺平面呈方形，占地约2500平方米。其主体建筑正门楼和礼拜大殿是元代重修的遗物。寺门朝南，门楼甬道由4道巨大的有雕刻图案的尖拱门组成，门楼顶部是望月台和祝圣亭。礼拜大殿呈长方形，四壁以花岗岩石砌成。其南墙亦是寺的围墙，向外敞开8个长方形窗，西墙中部呈方形凹入，为“米哈拉布”，砌饰巨大的尖弓宝盖状凹壁，雕刻有“三一体”阿拉伯文《古兰经》节文，两侧墙壁布满6个凹状石刻，凹壁之间洞开4扇大窗。1607年泉州大地震，该寺的宣礼塔、祝圣亭和大殿圆顶塌毁。明代李光缙作的《重修清净寺募缘疏》描述大殿建筑“叠叠重重，规制异人间之庙宇;昂昂哙哙，晕革仿天上之楼台”。所描绘的即为阿拉伯式的圆顶建筑，还描绘寺塔如“一柱千云，并紫帽峰而作对，七级凌日，参开元塔为三”。指明该寺有塔1座，其高度堪称泉州三大高层建筑之一(泉州开元寺双塔高度分别为48.24米和44.06米)。《泉州府志》记载：“隆庆丁卯(1567)木塔坏。”故16世纪时塔为木制。尔后重修的塔为5层建筑，于康熙二十六年(1687)毁于飓风。明万历年间曾在礼拜大殿北边建筑明善堂，大殿圆顶塌毁后，该堂遂成为礼拜之所。寺内现存有1507年的《重立清净寺碑》、1609年的《重修清净寺碑记》，以及明永乐五年(1407)的《敕谕》碑。泉州艾苏哈卜寺是研究中外伊斯兰建筑艺术交流史和泉州伊斯兰教历史的珍贵古迹。

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