据史料记载，摩尼教在我国旧称“明教”。其教义是杂糅佛教、基督教、祆教而成的。公元3世纪中叶波斯人摩尼所创立，摩尼(公元216-276年)生于南巴比伦安息王族家庭。唐武后延载元年(公元694年)传入中国，崇拜光明，提倡清净，反对黑暗和压迫。与此同时，有摩尼教高僧呼禄法师传教入闽居泉，卒后葬清源山南麓。明初，由于明太祖嫌其教义上逼国号，遂摈其徒，毁其宫，摩尼教从此一蹶不振，逐渐被其他宗教所融合。因此，泉州草庵摩尼教寺便成了我国仅存完整的摩尼教珍贵史迹，是研究世界宗教史及中外交通史之重要实物依据。

　　在20世纪80年代初，此地曾发掘出宋代明教会的瓷碗，证实宋时泉州摩尼教已十分活跃。在这草庵遗址前端的20米处，曾经出土一块元代完整的黑釉碗和60多件残瓷片。这件完整的黑釉碗，口径18.5厘米，高6.5厘米，碗内底部在烧制时便刻有“明教会”三字，字径6.5厘米左右，其他残瓷片同样分别刻有“明”、“教”、“会”三个字样，这是当时泉州明教会活动情况的重要发现。宋未元初时烧制这种黑釉碗，在晋江磁灶为数较多，泉州市区近郊也有同类型的发现，说明罗山草庵摩尼教遗址的文字记载与黑釉“明教会”的瓷碗相印证。

　　泉州的摩尼教活动于元代是比较公开性的，说明泉州的明教是以佛为崇拜而盛行的。据传有泉州十八位读书士子住于草庵勤奋读书，常于此显现佛的形象，说是文殊菩萨的显影，因此在摩尼光佛坐像两侧有弘一法师手书木刻对联“石壁光明相传为文佛显影”，“史乘记载于此有名贤读书”。

　　草庵摩尼教寺引起了世界学术界、宗教界的巨大兴趣。1987年8月，在瑞典隆德大学召开首届国际摩尼教学术讨论会，草庵摩尼佛造像作为讨论会的纪念性吉祥物。1991年2月，联合国教科文组织“海上丝绸之路”综合考察团参观后，认为是这次考察活动的“最大发现”。明朝太祖朱元璋依靠明教夺取政权，并采用明教的“明”定国号，但是又担心明教威胁他的统治，即所谓“又嫌其教门上逼国号，寅其徒，毁其宫”。所以明初盛极一时的明教又转入秘密活动，融合于道、佛教的民间崇拜。但仍于明正统年刻摩尼教的教义信条(称“四位一体”)于摩崖上： 劝念 清净光明，大力智慧。 无上至真，摩尼光佛。

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